از بدو تاسیس دانشگاه آزاد اسلامی واحد جامع مستقل نجف آباد که سال 1364 بوده ابتداً دانشگاه رشته ای تحت عنوان علوم سیاسی و همچنین آموزش معلمان، ادبیات داشته است. نهایتا  در سال 1368 گروه الهیات تاسیس که گروه الهیات هم در مقطع کارشناسی و هم در مقطع کارشناسی ارشد که کارشناسی ارشد هم گرایشی تحت عنوان گرایش جامع داشته است. که تقریبا 50 واحد درسی دانشویان گذرانده و یک مدرک جامع را می گرفتند که بعدها به دلیل تطبیق با آموزش عالی گرایش ها تخصصی شد و تبدیل به علوم قرآن فقه و مبانی حقوق فلسفه و گراش های دیگر و به صورت یک گروه در دانشکده علوم انسانی بود. بدان معنا که دانشکده ای به نام دانشکده علوم انسانی که گروه الهیات هم یکی از رشته های زیر مجموعه ی دانشکده علوم انسانی بود. با پیگیری اساتید مطرح درسال 1378 رشته حقوق وارد دانشگاه گردید و رشته حقوق هم ملحق به دانشکده علوم انسانی گردید.

در نهایت زمانی که دانشکده ها بصورت مجزا و تخصصی قرار گرفتند، دانشکده حقوق الهیات و معارف اسلامی هم در سال 1383 مستقل از دانشکده علوم انسانی و تاسیس شد و از آن زمان تا بحال هم رشته الهیات و رشته حقوق فعال بوده که در طول این مدت گروه دکتری اضافه گردید، همچنین الهیات که الهیات تقریبا از سال 1388 یه گروه الهیات دکتری آن هم فعال شد و تا بحال ادامه دارد.

که در  طول این ایام همونطور که استحضار دارید رشدهای متفاوتی اضافه گردید مثل عرفان و اندیشه های اسلامی، عرفان و اندیشه های امام که به خاطر وضعیت اقتصادی، جامعه و دانشویان حذف گردیده ولی درحال حاضر دانشکده حقوق با گرایش های مختلفی و همچنین الهیات به فعالیت خودش ادامه می‌دهد